文明13（1481）年、経譽愚底運公上人により開創。その約60年後、現在地に移された。檀林となった東漸寺は、広大な境内を持ち、多くの建物を擁した。大改修が成就した享保７（1722）年には本堂、方丈、鐘楼、開山堂、正定院、東照宮、鎮守社など20数カ所もの堂宇を擁し、末寺35カ寺を数え、大寺院へと発展した。明治初頭に、明治天皇によって勅願所となった。

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