明治2年、小菅県が設置されたとき、 庁内（現東京拘置所）に伊勢の皇大神宮を勧請し県下356カ町村の守護神としたことにはじまる。同5年、小菅県所管の葛飾郡72カ町村などが東京府に移管され、社は小菅村の鎮守である田中稲荷神社の境内に移設された。そして、小菅大明神と称して村の氏神となり、明治42年、小菅神社と改称された。

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