室町時代以前は、天台宗の寺院で唯稱庵と呼ばれていたが、永正年間（1504～1521年室町時代）に改宗、浄土真宗の末流となり唯稱寺と改まる。
寛永2年（1625年）火災により本堂、庫裏焼失するも、元文2年（1737年）第7世釈浄航によって再建され今日にいたる。
開基は相州南湖村（神奈川県）の出身で、俗姓山下、通称次郎輔正義と名乗り真宗に帰依し、山科御本廟修復の際、自ら陣頭に立ち工事にあたった。その功績によって蓮如上人より「六字名号」と法名「釈浄休」を賜る。後にこの地で真宗安心の法義を説き、唯稱寺第1世住職となる。現在は第15世釈道彦である。
当寺には、彦根市指定文化財の「絹本着色浄土変相図」と「刺繍阿弥陀来迎図」の二幅の軸がある。

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